アラブ首長国連邦（UAE）に本拠地を持つNeopharma LLCとneo ALA株式会社（旧社名：コスモALA株式会社）との合弁によって設立されました。2016年10月には、株式会社エーピーアイコーポレーションの袋井工場を買収しました。これによって、Neopharma LLCには無かった医薬品原薬・医薬中間体製造に関する設備と能力を得ました。ネオファーマジャパンは、Neopharma LLCの海外戦略における医薬製造という分野において重要な役割を担います。加えて、ネオファーマジャパンが主体的に新薬開発を進めることにより、ネオファーマグループ全体として、開発から製造まで一気通貫で実施できる体制を目指します。